台湾与澎湖本岛之间的交通有航空与海路两种，班次密集，七、八月旅游旺季，机票几乎都被旅行社预订一空，因此若自行前往得提前二个月预订。

航空

1、台北、台中、嘉义、台南、高雄、屏东等地都有班机往来马公机场，高雄还有班机直飞七美及望安。

2、各航空公司航线如下：台北←→马公有远东、复兴、立荣；台中←→马公有华信、立荣；嘉义←→马公有复兴、立荣、远东、华信；高雄←→七美有华信、立荣航空；高雄←→望安有立荣；马公←→七美有立荣及华信航空。

3、机场至马公市区可搭乘公车或计程车，后者车资约350--400元，若事先向车行叫车，则在300元上下。

海运

嘉义、高雄两地分别有船班往来澎湖；海王星号/嘉义(布袋)←→锁港，航程约90分钟，此航线冬季停航；台华轮/高雄←→马公，航程约4小时。